Este é mais um daqueles posts simples de útilidade pública!

Vamos ver como remove registros duplicados com mongoDB

//remoção de duplicados

db.teste.aggregate([{$group:{_id:"$chave", dups:{$push:"$_id"}, count: {$sum: 1}}},
{$match:{count: {$gt: 1}}}
]).forEach(function(doc){
  doc.dups.shift();
  db.teste.remove({_id : {$in: doc.dups}});
});

Apenas percorremos a coleção e removemos 1 registro apenas do retorno baseado naquela chave.

Um grande abraço!