Este é mais um daqueles posts simples de útilidade pública!
Vamos ver como remove registros duplicados com mongoDB
//remoção de duplicados db.teste.aggregate([{$group:{_id:"$chave", dups:{$push:"$_id"}, count: {$sum: 1}}}, {$match:{count: {$gt: 1}}} ]).forEach(function(doc){ doc.dups.shift(); db.teste.remove({_id : {$in: doc.dups}}); });
Apenas percorremos a coleção e removemos 1 registro apenas do retorno baseado naquela chave.
Um grande abraço!